Можно пытаться угадывать, но лучше просто посмотреть. Сообщите, пожалуйста, с каким сайтом и по какому запросу есть проблема. Лучше в личку.

Разобрались.
Проблема вот в чем. У Вас в настройках указан сайт www.*****.ru, а в результатах Google выдается сайт без www.
SeoRate.ru различает сайты с www и без него, так что в статистику по Google сайт не попадает.
 
Чтобы сделать сайты с www и без www "равноправными", нужно внести второе имя внести в список зеркал для Вашего сайта. Обычно это делается автоматически при добавлении новых сайтов в проект. Я сейчас добавил зеркала для всех Ваших сайтов. По-моему, стало немножко лучше.